Joutsan seurakunnassa on kaksi kappeliseurakuntaa: Luhangan ja Leivonmäen kappeliseurakunnat.

Kappeliseurakunnat ovat seurakuntien alueellisia jumalanpalvelusyhteisöjä, joilla on oma pappi. Lisäksi kappeliseurakunnalla on aina käytössään kirkko, kappeli tai muu oma toimitila. Uusia kappeliseurakuntia muodostuu tavallisesti seurakuntien yhdistymisten myötä.
Kappeliseurakuntien asioista päättää kappelineuvosto. Seurakunnan kirkkovaltuusto valitsee kappelineuvoston jäsenet kyseisen alueen seurakuntalaisten joukosta.
Seurakuntien yhdistyessä on voitu päättää, että osa yhdistyvistä seurakunnista jatkaa toimintaansa kappeliseurakuntina. Tällaisessa tilanteessa seurakunnan kirkkoherra jatkaa usein uuden kappeliseurakunnan kappalaisena.

Luhangan kappeliseurakunta

Luhangan kappeliseurakunnan alue käsittää entisen Luhangan seurakunnan alueen sellaisena kuin se oli seurakunnan lakatessa 31. päivänä joulukuuta 2005.
Joutsan seurakunnan kirkkovaltuusto hyväksyi kokouksessaan 4.1.2006 kappelineuvoston perustamisen Luhangan kappeliseurakunnan alueelle.

Leivonmäen kappeliseurakunta

Joutsan ja Leivonmäen kunnanvaltuustot päättivät 26.3.2007, että kunnat yhdistyvät 1.1.2008 siten, että Leivonmäen kunta liitetään Joutsan kuntaan. Valtioneuvosto teki asiasta päätöksen 14.6.2007. Joutsan ja Leivonmäen seurakuntien kirkkovaltuustot käsittelivät seurakuntien yhdistymisasiaa kokouksissaan 28.6.2007. Molemmat kirkkovaltuustot päättivät yksimielisesti tehdä aloitteen siitä, että Leivonmäen seurakunta liitetään Joutsan seurakuntaan 1.1.2008 alkaen. Mikkelin hiippakunnan tuomiokapituli puolsi tehtyä aloitetta seurakuntien yhdistämiseksi. Kirkkohallitus päätti 18.9.2007 liittää Leivonmäen seurakunnan Joutsan seurakuntaan 1.1.2008 lukien, jolloin Leivonmäen seurakunta itsenäisenä seurakuntana lakkaa. Laajentuneen Joutsan seurakunnan alue on 1.1.2008 lukien tuolloin voimassa olevien kuntajakopäätösten mukainen Joutsan kunta ja Luhangan kunta.
Joutsan seurakunnan kirkkovaltuusto päätti 16.1.2008 perustaa Leivonmäen kappeliseurakunnan Joutsan seurakuntaan 1.1.2008 lukien. Leivonmäen kappelineuvoston ohjesääntö hyväksyttiin kirkkovaltuustossa 16.1.2008.