Vuonna 1793 Joutsan kappelikirkkoa varten hankittiin Yli-intendentivirastosta piirustukset, jotka olivat ilmeisesti Thure G. Wennbergin käsialaa. Kirkon pystyttämisestä tehtiin sopimus Kaarlo Rijfin kanssa 4.3.1799, mutta hanke viivästyi ja lopulta piirustuksista luovuttiin. Vuonna 1811 kirkonrakennushanke käynnistyi uudelleen ja rakennusmestariksi valittiin Heikki Juhonpoika Salo, joka oli avustanut kirkonrakentaja Matti Åkergreniä useilla työmailla. Rakentaminen tapahtui Turun läänissä sijaitsevaa Kiikan kirkkoa varten laadittujen piirustusten pohjalta.

Joutsan kulmaviisteinen ristikirkko valmistui vuonna 1813. Kellotapuli valmistui myöhemmin, ja sen rakentajana oli Eerik Jaakonpoika Leppänen. Tapuli edustaa ns. keskisuomalaista tyyppiä ja muita säilyneitä esimerkkejä ovat Töysän ja Petäjäveden tapulit. Tapulin katolla olevassa viirissä on vuosiluku 1820, joka ilmaisee joko rakentamis- tai valmistumisvuoden.

Vuonna 1857 kirkkoon rakennettiin lautarakenteiset eteiset ja puolipyöreät ikkunat lehtereitä ja eteisiä varten. Vuonna 1879 länsilehteri uusittiin urkujen hankinnan vuoksi ja siihen tehtiin balustradikaide. Vuonna 1938 suoritettiin kirkossa laajoja korjaustöitä arkkitehti Ilmari Launiksen suunnitelmien pohjalta. Tällöin mm. uusittiin penkit, penkkien fasadit, hankittiin sähkövalaistus ja uusi alttaritaulu. Kirkon uudesta sisävärityksestä antoivat Muinaistieteelliselle toimikunnalle ehdotuksensa arkkitehti Ilmari Launis ja taiteilija Urho Lehtinen. Valituksi tuli Lehtisen ehdotus. Vuoden 1938 korjaustöissä on ollut useita erikoisia tapahtumia, sillä sen hetkisen käsityksen ja siten myös arkkitehti Launiksen mukaan mm. saarnatuoli olisi pitänyt uusia kokonaan. Aikalaismuistiinmerkintä kertoo, että arkkitehti oli ilmeisesti antanut ymmärtää, että hänen tekemiään suunnitelmia voi heti ryhtyä toteuttamaan, sillä niiden hyväksyntä Rakennushallituksessa olisi lähinnä tekninen seikka. Rakennushallitus ja Muinaistieteellinen toimikunta kuitenkin puuttuivat asiaan ja kielsivät uuden, jo valmistuneen saarnatuolin käyttöönoton. Näin kirkon alkuperäinen saarnatuoli sai jäädä paikoilleen ja edustaa lähes yksinään kirkon ilmeisesti alkuperäistä sisustusta. Kirkon sivulehterit poistettiin, ja jäljelle jäi vain urkulehteri, jonne rakennettiin toinen portaikko.

Vuonna 1969 sisätiloja maalattiin ja penkkirivistöt palautettiin vuotta 1938 edeltäneeseen rakenteeseen, ts. ristikäytävä aukaistiin uudestaan. Viimeisin kirkonkorjaus on tehty vuonna 1998 arkkitehti Jaakko Merenmiehen suunnitelmien mukaan. Korjaustöissä lattia lämpöeristettiin ja kirkonpenkkeihin asennettiin sähkölämmitys. Urkulehterin toinen portaikko poistettiin, lehterin alle rakennettiin inva-wc ja morsiushuone. Lisäksi sakasti jaettiin kahteen huonetilaan, varsinaiseen sakastiin ja sen viereiseen tekniseen työtilaan. Kirkon sisätiloissa korjaustyöt vaikuttivat paljon kuoriosaan, jota muutettiin ja laajennettiin mm. irrottamalla alttaripöytä kuorin takaseinästä, uusimalla alttarikehä ja poistamalla joitakin penkkirivejä. Sisätilojen maalaustöiden lisäksi konservoitiin alttaritaulu ja korjattiin rakenteiden ja irtokalusteiden kultauksia. Kirkko siunattiin uudelleen käyttöön 8.11.1998.

Urkujen peruskorjauksessa soittopöytä siirrettiin urkuparven oikeaan reunaan.

Vuonna 2003 tehtiin urkujen peruskorjaus. Urkujen soittokoneisto vaihtui pneumaatisesta sähköpneumaattiseksi. Urkuihin rakennettiin myös apulaitteena muistiosa, Setzer –laite, jossa käytetään digitaalista tallennusta. Remontin yhteydessä urkujen äänikertavalikoima palautettiin vuoden 1938 mukaiseksi. Soittopöydän paikan siirtäminen oli yksi näkyvimmistä muutoksista, joka urkujen peruskorjauksen aikana tehtiin. Soittopöytä siirrettiin urkuparven keskeltä sen oikeaan reunaan alttarilta päin katsottaessa.

Kesällä 2004 kirkon katon keskiosan paanutus poistettiin ja tilalle asennettiin peltikatto.

(Osa tekstistä kirkollisten esineiden inventointiraportista v. 2004)

Hautausmaa		Koulupaikka